No final do ano de 1893, várias cidades do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina estavam sob domínio dos "maragatos", como eram chamados os revoltosos do Rio Grande do Sul. Segundo David Carneiro, o Estado do Paraná ignorava o movimento, uma vez que estava a muitas léguas do centro dos confrontos. Em janeiro de 1894, Paranaguá foi tomada. Os federalistas renderam a fortaleza da Ilha do Mel, e, após um curto bombardeio, alguns marinheiros apossaram-se da cidade. Nos dias que se seguiram, chegaram a Curitiba militares da guarnição da Marinha que haviam fugido do ataque dos federalistas a Paranaguá. Eles não sabiam informar o estado em que ficou a cidade, mas passou a ser aventada em Curitiba a possibilidade de um iminente assalto das tropas federalistas.

No mesmo mês, Tijucas do Sul foi tomada por Gumercindo Saraiva. Essa investida, entretanto, impôs várias baixas aos revoltosos. A cidade da Lapa foi sitiada no mesmo mês e impôs uma forte resistência, que durou 28 dias. A luta seguiu ferrenha pelas ruas, até a morte do Coronel Gomes Carneiro, quando a cidade foi realmente tomada.

Quando chegaram as primeiras notícias de que os federalistas haviam entrado no Estado, houve muita agitação em Curitiba. Os comerciantes e proprietários locais nomearam uma comissão incumbida de defender a cidade. Dessa comissão fazia parte o Barão de Serro Azul. 

Segundo Rocha Pombo, em 17 de janeiro de 1894 Vicente Machado declarou a entrada da esquadra revoltosa no Estado. No dia seguinte, o governador, acompanhado dos oficiais do Exército, retirou-se para São Paulo, transferindo a capital do Estado do Paraná para a cidade de Castro.

Com a ausência do governo, a Comissão foi transformada em uma Junta Governativa, presidida pelo Barão do Serro Azul, da qual fez parte também Balbino Carneiro de Mendonça, um dos que posteriormente seria fuzilado no quilômetro 65.

Em 20 de janeiro os federalistas tomaram a capital. Um acordo entre a Junta Governativa e os ocupantes definiu o lançamento de um empréstimo de guerra, que seria pago pelos comerciantes da cidade. Juntas semelhantes se formaram em outras localidades tomadas, como em Paranaguá, da qual fez parte Prisciliano da Silva Correia, também fuzilado no quilômetro 65. 

Segundo Sêga, muitos paranaenses aderiam à revolta, vislumbrando a possibilidade de combater a liderança política de Vicente Machado e se contrapor ao projeto centralizador de Floriano Peixoto.

Em princípios de maio de 1894, os revoltosos deixaram Curitiba e seguiram para o Estado do Rio Grande do Sul. O General Ewerton Quadros, Comandante das forças legalistas, assumiu o controle militar do Estado e passou a ordenar prisões de muitas pessoas. Segundo Vargas, tantos eram os presos, que o principal teatro da cidade - o São Teodoro - foi transformado em cadeia e ficou tão cheio que não comportava mais a quantidade de pessoas detidas.

Ainda segundo Vargas, foi nesse clima que surgiram os primeiros rumores da prisão do Barão do Serro Azul, que inicialmente recebeu ordens para permanecer em sua casa, em cárcere privado, e depois foi transferido ao quartel do 17º Batalhão de Infantaria, de onde foi levado, com seus companheiros de infortúnio, à estação para seguir a Paranaguá no dia 20 de maio.